Con el extenso territorio que habían conseguido lo españoles, su orgnización territorial debió ser de mucha importancia, pues los pueblos y ciudades que antes estaban bajo el control de los aztecas, ahora estaba bajo el control de un virrey.  

División territorial
Antonio de Cubas menciona una primera división que consideraba tres reinos, una colonia y seis provincias: los reinos de México, Nueva Galicia y Nuevo León; la colonia Nuevo Santander (Tamaulipas); las provincias de Texas o Nuevas Filipinas, Coahuila, Nueva Vizcaya (Durango), Sonora y Sinaloa, Nuevo México, así como las dos Californias.  
Con los años estas divisiones fueron cambiando y para el año de 1776 ya había capitanías e intendencias, esto por la orden del virrey José de Galvéz quien también fundó la Comandancia General de las provincias internas de la Nueva España que abarcaba Durango, Chihuahua, Sinaloa, Sonora, California, Coahuila, Texas y Nuevo León. Además creó el Virreinato del Río de la Plata, con los territorios meridionales del Virreinato del Perú, y la Intendencia de Caracas, con los del norte, estos cambios en la división del territorio terminaría hasta el año de 1786.

Las Capitanías Generales fundadas por la corona fueron: Capitanía General de Cuba, Capitanía General de Guatemala, Capitanía General de Puerto Rico, Capitanía General de Chile, Capitanía General de Venezuela, Capitanía General de Yucatán y Capitanía General de Santo Domingo.

Instituciones
Para comenzar, hay que decir que una de las primeras instituciones que se fundaron en el territorio mexicano fue el Cabildo de la Villa Rica de la Vera Cruz que Hernán Cortés decretó para hacer legal su expedición y así seguir con la conquista. 
Según relata la primera carta de relación, llamada precisamente "Carta del cabildo", los hombres que venían con Cortés se juntaron "y acordes de un ánimo y voluntad" requirieron a su capitán "hacer y fundar una villa" y nombrar alcaldes y regidores para su gobierno. Se creó así el cabildo de la Rica Villa de la Veracruz, una institución que, aunque para aquel momento gobernaba una población inexistente, fue determinante en el futuro de la conquista, pues permitió a Cortés romper con las instrucciones de Diego Velázquez. 
Recordemos que los cabildos o ayuntamientos fueron las principales instituciones de las que se valia el gobierno y que sus funcionarios eran alcaldes ordinarios y regidores.
Los regidores eran los encargados de los concejos y tomaban decisiones tanto políticas como administrativas del gobierno dentro de las comunidades. Mientras que los alcaldes eran jueces de primera instancia que se concentrban en la justicia dentro de las poblaciones.

Como reacción ante la regulación de los asuntos politícos, administrativos y jurídicos en 1519 también se creo el Consejo de Indias como una sección dentro del Consejo de Castilla. Esta sección se creo debido a la gran demanda de asuntos que surgian en las Indias.
Pero en 1524 por Ordenes del Rey Carlos I el Consejo de Indias se separo y sería nombrado como Real y Supremo Consejo de Indias.
No tuvo un lugar fijo dentro de la Nueva España, hasta que en 1561 se instaló en Madrid. El primer presidente de este consejo fue Juan García Loaysa y Mendoza; los demás miembros eran nombrados por el rey y, por lo general, eran antiguos funcionarios del Consejo de Castilla. 
Otra de sus funciones sería presentar al rey una lista de posibles candidatos a virreyes y gobernadores que se irían a las Indias. 

Otra institucion de suma importancia fue la Real Aundiencia, la primera fue la de Santo Domingo creada en 1511 por Real Cédula de Fernando V de Castilla, pero se presentaron algunos problemas que provocaron que hubiera una espera más, la de una nueva Cédula Real del emperador Carlos V el 14 de septiembre de 1526.
En el caso del Virreinato de Nueva España se encontrarían las Audiencias de México, Guadalajara, Santo Domingo y Guatemala. Aunque en América el total de Audiencias sería de quince.